در طول مدت انجام کولونوسکوپی بیمار روی تخت به پهلوی چپ دراز می کشد.
اغلب، داروی آرامبخش ملایمی به بیمار تزریق می شود تا در طول مدت انجام این تست، آرام باشد و دردی احساس نکند.
پزشک لوله باریک و قابل انعطاف و بلندی که یک سر آن دوربین تعبیه شده و آغشته به ژل روان کننده است و کولونوسکوپ نام دارد را به آرامی از مقعد وارد راست روده می کند. این لوله برای کمک به دید بهتر پزشک، روده بزرگ را با گاز دی اکسید کربن باد می کند. دوربین سر لوله، تصاویر روده بزرگ را بر روی صفحه نمایش منتقل می کند و پزشک به دقت به بررسی روده می پردازد.